Esta Reserva está localizada en el término municipal de El Puerto de Santa María.  Está compuesta por la Laguna Salada, Laguna Chica y Laguna Juncosa. Posee una superficie de 228 Has. incluyendo su cinturón perilagunar que se encuentra rodeado por tierras de labor.

Laguna Juncosa

Esta laguna, con una superficie de 11,3 Has. Es la más pequeña del Complejo Endorreico del Puerto de Santa María, se encuentra en un avanzado estado de colmatación. Se encharca escasamente y únicamente en años de alta pluviosidad.

Toda la superficie de la laguna está cubierta de vegetación emergente que, a pesar del nombre que recibe la laguna no está constituida por juncos sino por bayuncos (Schoenoplectus lacustris subsp. glaucus). En zonas más altas sí aparecen algunas macollas de juncos (Juncus maritimus)

Laguna Chica

Es una laguna de 15,2 Has. Es de perímetro alargado con aguas someras, aunque permanece con agua en verano durante los años más húmedos. Entre las plantas, domina el carrizal y en las zonas más altas el junco. Las zonas más perturbadas, no colonizadas por vegetación emergente presentan especies alófitas como Suaeda esplendens y Mesembrianthemum nodiflorum.

Laguna Salada (Foto)

La mayor de las lagunas del Puerto de Santa María con 36,8 Has. es también la más profunda, aunque no son pocos los veranos en que se seca.

En la orilla norte el cinturón perilagunar está dominado por eneas (Typha dominguensis) acompañada en ocasiones por bayuncos (Schoenoplectus lacustris subsp. glaucus) y juncos (Juncus maritimus). Tras esta franja se presentan castañuelas (Cyperus longus) y Taraje, sobre todo de la especie Tamarix canariensis.

En la orilla Sur, la  vegetación se compone de carrizos (Phragmites australis), siendo también abundantes los tarajes. Pero donde estos últimos alcanzan un mayor desarrollo es sin duda en el extremo Este de la laguna.